Ermənistan ilə birləşmək istəyən separatçı hərəkatının tələbi 1988-ci ildə yenidən, amma nisbətən dinc şəkildə başlasa da, növbəti aylarda SSRİ dövlətinin dağılmasının yaxınlaşması səbəbindən, fikir ayrılığı etnik azərbaycanlılar ilə ermənilər arasında getdikcə böyüyən şiddətli münaqişəyə çevrilmiş və nəticədə tərəflərin etnik təmizləmə iddialarına səbəb olmuşdur.
Tərəflər arasında etnik qruplararası qarşıdurmalar Dağlıq Qarabağ Muxtar Vilayətinin parlamentinin 20 fevral1988-ci ildə Ermənistan ilə birləşmək qərarı verdikdən sonra başlamışdır. Azərbaycandan ayrılmaq haqqında bəyənnamə bu torpaq münaqişəsinin son nəticəsi olmuşdur.
Azərbaycan SSR-dən müstəqilliyini elan etdikdən sonra Qarabağ ermənilərinin əksəriyyəti, Azərbaycandan çəkilmək qərarına gəlmiş və qondarma Dağlıq Qarabağ Respublikasının müstəqilliyini elan etmişdirlər.
Tərəflər arasında genişmiqyaslı döyüşlər 1992-ci ilin qışında başlamışdır. Avropada Təhlükəsizlik və Əməkdaşlıq Təşkilatı (ATƏT) kimi bir neçə təşkilat, tərəflər arasındakı münaqişənin həllinin sonunu gətirmək istəsə də, cəhdlər uğursuz olmuşdur. 1993-cü ilin yazında Ermənistan qüvvələrinin anklavın tərkibində olmayan torpaqları işğal etməsi, regiondakı digər ölkələrin müharibəyə qatılması üçün təhdid yaratmışdır. 1994-cü ildə müharibə başa çatana qədər ermənilər Qarabağın əksər hissəsini demək olar ki, tam nəzarətlərinə keçirib, əlavə olaraq anklavın tərkibində olmayan Azərbaycan torpaqlarının 9%-nə nəzarət edirlər.[18] Münaqişə nəticəsində Azərbaycandan 230.000 erməni, Ermənistan və Qarabağdan isə 800.000 azərbaycanlı məcburi köçkün olmuşdur.
